อุปสรรคสำคัญในการสร้างแบบจำลองเซลล์ผ่านทางคอมพิวเตอร์คือการเข้าถึงโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ที่เป็นหัวใจของกระบวนการของเซลล์ จนถึงปัจจุบัน เทคนิคที่จัดตั้งขึ้นสำหรับการสร้างแบบจำลองปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนขึ้นอยู่กับการเทียบท่าโปรตีนหรือการจำลองระดับโมเลกุล วิธีการทั้งสองมีข้อดีและข้อเสีย แม้ว่าอัลกอริธึมการเทียบท่าโปรตีนนั้นยอดเยี่ยม
สำหรับการสุ่มตัวอย่างพิกัดเชิงพื้นที่ แต่ก็ไม่ได้คำนึงถึงพิกัดเวลาหรือไดนามิกของการโต้ตอบของโปรตีน ในทางตรงกันข้าม การจำลองแบบโมเลกุลจำลองไดนามิกได้ดี แต่การจำลองเหล่านี้ช้าเกินไปหรือมีความละเอียดต่ำ การพิสูจน์แนวคิดของเราเชื่อมโยงวิธีการสร้างแบบจำลองทั้งสองแบบ การพัฒนาวิธีการที่สามารถเข้าถึงช่วงเวลาการจำลองอย่างที่ไม่เคยปรากฏมาก่อนด้วยความละเอียดของอะตอมทั้งหมด